O empregador pode punir os atrasos do empregado?

Sim, mas dentro de uma regra simples de tolerância que vai desde advertências, de preferência escrita, ou pena de suspensão, se for de forma reiterada, até comprovação que tal conduta está em afronta aos interesses da empresa.

Porém, é ressalvado ao empregado, dispensa sem justa causa pelas faltas, se não for consonante à Súmula 77, do TST que dispõe:

Súmula 77 - Punição.
Nula é a punição de empregado se não precedida de inquérito ou sindicância internos a que se obrigou a empresa por norma regulamentar.

Sendo assim, o empregador não pode dispensar imotivadamente o empregado que está faltoso, destoante dos interesses da empresa sem o devido inquérito de apuração de falta grave, ensejando um poder patronal viciado de irregularidade, sendo então, o empregador punido pelo ato.

Desta forma, deve o empregador ficar atento aos artigos 474 e 482, da CLT que caracterizam a justa causa, para não incorrer em ato ilícito e não ponderável, pois a punição deve ser proporcional à falta cometida.